Wie bei allen großen und schweren Hunden besteht bei dem Labrador Retriever die Gefahr einer Hüftgelenksdysplasie (HD) sowie einer Ellenbogendysplasie (ED). Die Zuchthunde der dem VDH angeschlossenen Vereine unterliegen deshalb einer Kontrolle: Zwingend nötig für die Erteilung einer Zuchtzulassung ist die Röntgenaufnahme der Hüft- und Ellenbogengelenke und deren Beurteilung durch einen vom Verein bestimmten Gutachter. Ergibt diese Beurteilung einen mittleren (HD-D) oder einen schweren (HD-E) HD-Grad, so wird der Hund von der Zucht ausgeschlossen. Ein HD-Grad C (leichte HD) bedeutet keinen grundsätzlichen Ausschluss von der Zucht, jedoch geht mit einer solchen Beurteilung die Auflage einher, dass der betreffende Hund nur mit einem Hund gepaart werden darf, der frei von HD ist (HD A1–A2). Bei der ED führt Grad II und III zum Zuchtausschluss.

Neben den oben geschilderten Skeletterkrankungen ist auch die Vererbung verschiedener Augenkrankheiten möglich. Hierbei handelt es sich um die Progressive Retinaatrophie (PRA), den erblichen Katarakt (HC) und die Retinadysplasie (RD). Im Falle von RD sind nur Hunde, die an der totalen Form (völlige Blindheit) erkrankt sind, von der Zucht ausgeschlossen, da sich bei den anderen Formen die Erblichkeit nicht nachweisen lässt. Zuchthunde müssen regelmäßig auf PRA, erblichen HC und RD getestet werden. Ein negativer Befund muss bei jedem Deckakt vorgelegt werden. Bei der PRA ist, sofern der Hund nicht bekanntermaßen PRA-freie Eltern hat, ein Gentest für die Zuchtzulassung erforderlich.

Epilepsie folgt beim Labrador einem polygen rezessiven Erbgang. Die Prävalenz lag in einer dänischen Studie bei 3.1%. Rüden scheinen gegenüber Hündinnen ein wesentlich erhöhtes Risiko zu haben.

Eine weitere rassespezifische Krankheit ist die Labrador-Myopathie. Diese erbliche Muskelerkrankung folgt einem einfach autosomal rezessiven Erbgang und ist mit einem Defekt im cnm-Locus auf Chromosom 2 vergesellschaftet. Klinisch äußert sich die Erkrankung typischerweise ab dem Alter von 3 bis 4 Monaten, verläuft bis zum Alter von ca. einem Jahr progressiv und stabilisiert sich dann. Symptome sind schnelle Ermüdung bei Belastung, Megaösophagus, Muskel-Atrophie und Verlust des Patellarsehnenreflexes. Histopathologisch ist eine Atrophie der Typ-II-Muskelfasern feststellbar.

Die Fibrinoide Leukodystrophie (Alexander's Disease) ist eine sehr selten auftretende und sich schnell verschlechternde erbliche Erkrankung des Rückenmarks mit Lähmungen und Bewegungsstörungen. Sie entwickelt sich aus bislang ungeklärter Ursache innerhalb des ersten Lebenshalbjahres. Die Axonopathie des Labradors ist eine Degeneration der weißen Substanz, die bei Welpen mit Hinterhandschwäche beginnt und sich zu übersteigerten Bewegungen (Hypermetrie) mit Neigung zum Umfallen entwickelt. Der Erbgang ist vermutlich autosomal rezessiv. Beide Erkrankungen sind nicht behandelbar.